Tive este problema hoje ao tentar compilar o kernel do Gentoo no meu note velho (a bateria da BIOS do coitado foi para o saco). Depois de fuçar um monte na net achei esse meio de resolver o problema:
# make clean
# touch /tmp/teste
# find . -newer /tmp/teste -print -exec touch {} \;
# rm /tmp/teste
e depois é só utilizar o bom e velho:
# make && make modules_install
Eu achei a solução do problema em http://www.experts-exchange.com/OS/Linux/Setup/Q_10127797.html
